アップロードできるファイル数の上限はありますか？

アップロードのファイル数（inode数）に制限はございません。
なお、ファイル数が多いとファイルマネージャーやFTPソフトでの閲覧時に読み込みに時間がかかる、もしくはタイムアウトすることがございます。