無料独自SSLの更新手続きは必要ですか？

有効期限までに自動で更新されるため、特にお手続きを行っていただく必要はございません。

ドメイン設定が残った状態でラッコサーバーにDNS設定が向いていない場合は、更新処理が失敗します。
その場合はSSL証明書の有効期限案内のシステムメールが送信されます。
ラッコサーバーで使わなくなったドメイン設定は削除しましょう。